Plusieurs fois pillé et incendié aux cours des guerres du XVIe et du XVIIe siècle, malgré ses remparts dont la forme circulaire du village garde mémoire, Saint-Cyr hérite vers 1670 du nom de “Coullons” puis “Colons”, qui était celui d’un hameau situé non loin de là, sur la route de Chablis, et qui disparaît alors. Rue et ruelle Saint-Denis conservent le souvenir d’une maladrerie placée sous la protection de ce saint et qui disparaît au XVIIe siècle.

 Jadis essentiellement agricole, la commune a vu sa population diminuer lentement jusque dans les années 90 ; la proximité d’Auxerre (17 km), de Chablis (9 Km) et de Vermenton (10 km), ainsi que la qualité du cadre de vie expliquent certainement le renouveau démographique de la commune qui compte aujourd’hui 450 habitants (janvier 2004). Les sorties d’Auxerre-Sud ou de Nitry, situées à environ 15 km, permettent d’accéder rapidement au village par l’autoroute A-6.